Basenpaar
Het erfelijk materiaal, DNA, bestaat uit een zeer lange dubbele keten van basenparen in de vorm van een dubbele helix. Deze basenparen bestaan uit steeds twee nucleotiden. De gedeelten van de nucleotiden, die de basenparen vormen, worden basen genoemd.
Een basenpaar (1 bp) geeft 2 bit aan informatie daar er bij DNA of RNA vier verschillende mogelijkheden (nucleotiden) zijn. De massa van een basenpaar in een dubbele DNA-helix bedraagt 650 atomaire massa-eenheden, ook wel uitgedrukt in Daltons. Het molecuulgewicht van een bepaalde DNA-soort is ongeveer 650 g per mol per basenpaar.
Watson-Crick paringen
De nucleotiden zijn dus horizontaal in paren gekoppeld en zitten verticaal in lange strengen vast, als een soort ladder. De vier verschillende nucleotiden in het DNA worden aangeduid met de letters A, C, G en T. A staat voor Adenine, T voor Thymine, C voor Cytosine en G voor Guanine. A vormt altijd een paar met T (en omgekeerd) en G vormt een paar met C (en omgekeerd). Tussen G en C zitten drie waterstofbruggen, tussen A en T twee. Naast deze vier basenparen in het DNA is er in het RNA een kleine afwijking: het RNA bevat geen Thymine, maar Uracil (U).
Watson-Crick-GC-basenparing
Watson-Crick-AT-basenparing
Afwijkende paringen
Afwijkende paringen treden vooral op in tRNA's en in triplehelices. Ze volgen weliswaar het Watson-Crick-schema, maar vormen andere waterstofbruggen.
Voorbeelden:
- Reverse-Watson-Crick-paringen,
- Hoogsteen-paringen (genoemd naar Karst Hoogsteen (1923-2015)) en
- Reverse-Hoogsteen-paringen.
G-C-reverse-Watson-Crick-paring
A-U-reverse-Watson-Crick-paring
A-U-Hoogsteen-paring
A-U-reverse-Hoogsteen-paring
A-C-reverse-Hoogsteen-paring
Afkortingen
- bp = één basenpaar
- kbp = kilobasenpaar = 1000 bp
- Mbp = megabasenpaar = 1.000.000 bp
- Gbp = gigabasenpaar = 1.000.000.000 bp