Ethidiumbromide

Ethidiumbromide is een organische verbinding met als brutoformule C21H20BrN3. De stof komt voor als een rode vaste stof, die goed oplosbaar is in water. Het is een fenantridine-kleurstof, die gebruikt wordt om nucleïnezuren, DNA, RNA aan te tonen. Ethidiumbromide is het ethylderivaat van het homologe dimidiumbromide.

Ethidiumbromide
Structuurformule en molecuulmodel
Structuurformule van ethidiumbromide
Absorptiespectrum van ethidiumbromide
Algemeen
Molecuulformule
     (uitleg)		C21H20BrN3
IUPAC-naam3,8-diamino-5-ethyl-6-fenylfenanthridiniumbromide
Molmassa394,3076 g/mol
SMILES
CC[N+]1=C2C=C(C=CC2=C3C=CC(=CC3=C1C4=CC=CC=C4)N)N.[Br-]
InChI
1S/C21H19N3.BrH/c1-2-24-20-13-16(23)9-11-18(20)17-10-8-15(22)12-19(17)21(24)14-6-4-3-5-7-14;/h3-13,23H,2,22H2,1H3;1H
CAS-nummer1239-45-8
EG-nummer214-984-6
PubChem14710
Waarschuwingen en veiligheidsmaatregelen
Gevaar
H-zinnenH302 - H330 - H341
EUH-zinnengeen
P-zinnenP260 - P281 - P284 - P310
Carcinogeenja
EG-Index-nummer612-278-00-6
VN-nummer2810
LD50 (ratten)(peroraal) 1503 mg/kg
LD50 (muizen)(subcutaan) 110 mg/kg
Fysische eigenschappen
Aggregatietoestandvast
Kleurrood
Smeltpunt260 - 262 °C
Oplosbaarheid in water40 g/l
Goed oplosbaar inwater
Waar mogelijk zijn SI-eenheden gebruikt. Tenzij anders vermeld zijn standaardomstandigheden gebruikt (298,15 K of 25 °C, 1 bar).
Portaal    Scheikunde

Eigenschappen en toepassingen

Ethidiumbromide wordt vaak gebruikt bij de gelelektroforese, in combinatie met een UV-lamp, omdat het dan zichtbaar wordt. De verbinding intercaleert met het DNA of RNA: door diens vlakke structuur is het mogelijk om tussen de nucleobasen te schuiven en op deze manier het DNA of RNA te markeren. Onder UV-licht kan dit zichtbaar gemaakt worden, omdat ethidiumbromide twee sterke absorpties vertoont in het UV-gebied, namelijk bij een golflengte van 210 en 285 nm, met een extinctiecoëfficiënt van respectievelijk 40.000 en 50.000 M−1cm−1.[1] Door de intercalatie neemt de intensiteit van de fluorescentie-emissie met een factor 50 tot 100 toe. Op deze wijze lichten bij gelelektroforese met agarosegel de moleculaire gedeelten met nucleïnezuren onder UV-licht oranje-rood op, terwijl de gedeelten zonder nucleïnezuren niet oplichten. De gebruikte concentratie ethidiumbromide in agarosegel varieert tussen 0,1 en 0,5 µg/mL.

Ethidiumbromide inhibiteert reeds bij lage concentraties (0,1 tot 2 µg/mL) de replicatie van mitochondriaal DNA in eukaryoten.

Toxicologie en veiligheid

Ethidiumbromide is een zeer toxische en mutagene verbinding. De stof kan worden opgenomen door inademing van stofdeeltjes, na inslikken of door absorptie door de huid. Ethidiumbromide werkt irriterend op ogen, mond en bovenste luchtwegen en kan schade toebrengen aan het erfelijke materiaal. Het gebruik ervan is sterk gereglementeerd en mag enkel geschieden door ervaren personen. Het mag nooit gebruikt worden in agarosegel met een temperatuur hoger dan 50°C, omdat hierbij zeer giftige dampen kunnen ontstaan. In de meeste biochemische laboratoria wordt meestal een aparte ruimte voorzien voor het werken met ethidiumbromide.

Als alternatief kan SYBR Green I als kleurstof gebruikt worden.

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.