The Skeptics' Guide to the Universe

Opening: The Skeptics' Guide begint met dat Steven Novella elk aanwezig panellid introduceert, hetgeen regelmatig leidt tot een retrospectief stuk, "This Day in Skepticism". De panelleden bespreken vervolgens de grootste nieuwsverhalen die skeptici aangaan van die week. Dit wordt meestal gevolgd door het beantwoorden van e-mails van luisteraars.

"This day in history" (Deze dag in de geschiedenis): Rebecca (voorheen Evan) presenteert een historische gebeurtenis van wetenschappelijk of skeptisch belang waarvan de verjaardag valt op de dag dat de podcast wordt opgenomen dan wel uitgezonden.

"Who's That Noisy?" (Wie is er zo luidruchtig?): Bernstein speelt audiofragment af waarvan de luisteraars moeten raden wie of wat het is. Pas sinds 2010 komt de rubriek "Who's That Noisy?" eerder dan het interview; voor 2010 kwam het net voor "Skeptical Quote".

"A quickie with Bob" (Kort nieuwtje met Bob): alle schurken, behalve Bob, kunnen 'kort nieuwtje met Bob' aanvragen, die dan een zaak in actueel nieuws zal toelichten. Dit gebeurt vaak voorafgaand aan het interviewgedeelte en duurt ongeveer een minuut, op een qua lengte afgesteld achtergrondmuziekje.

Interview: de meeste weken interviewt het panel een gastskepticus of -wetenschapper.

"Science or Fiction" (Wetenschap of fictie): Steven Novella presenteert aan de panelleden drie recente verhalen van wetenschappelijke aard waarvan er één fictie is. De co-hosts moeten dan hun kennis van de wetenschap en hun skeptische vaardigheden gebruiken om erachter te komen welk verhaal fictie is. Het nepverhaal kan zowel volkomen verzonnen zijn of gebaseerd op een echt verhaal waaraan een essentieel detail is verhanderd om het fictief te maken. "Science or Fiction" heeft soms een thema, zodat alle verhalen over ongeveer hetzelfde onderwerp moeten gaan.

"Skeptical Quote" (Skeptisch citaat): de show wordt afgesloten door Jay Novella die een citaat voorleest van een beroemd persoon die relevant is voor skepticisme of de wetenschap. Jay kondigt de bron aan met een overdreven stem van een radioman.

De meeste afleveringen duren rond de 80 minuten, maar op 23 september 2011 produceerde SGU de aflevering "SGU-24": een 24 uur lange podcast met bijdragen van skeptici uit de hele wereld.

"Guest Rogue" (Gastschurk): sinds begin 2010 nodigt SGU soms een "gastschurk" uit in plaats van een interview te houden. Deze gast is de hele show aanwezig inclusief tijdens de nieuws- en "Science or Fiction"-rubrieken alsof hij of zij tot de panelleden behoorde.

"Skeptical Puzzle" (Skeptische puzzel): aan het eind van de show presenteerde Evan Bernstein vroeger een skeptische puzzel aan de luisteraars, meestal over een bepaald persoon of onderwerp binnen de pseudowetenschap. Af en toe werd de puzzel in versvorm gepresenteerd en in aflevering 96 deed men alsof het gepresenteerd werd door de fictieve skeptische rapper Kom’n Cents.[6] Luisteraars zouden dan de puzzel beantwoorden via de e-mail of op de the message board. De eer werd de volgende week gegeven aan de eerste persoon die de puzzel juist wist te beantwoorden. De Skeptical Puzzle is vanaf aflevering 130 gestopt om Evan zich te kunnen laten richten op andere zaken zoals SGU 5x5, hoewel hij sindsdien soms een logicapuzzel heeft aangeboden in plaats van "Who's That Noisy?".

"Randi Speaks" (Randi spreekt): vanaf 20 september 2006 kwam James Randi op de podcast waarbij hij een vooraf opgenomen commentaarrubriek leverde, "Randi Speaks" genoemd. De professionele goochelaar en skepticus Randi gaat uitgebreid in op een onderwerp dat hem die week bezighoudt, hetgeen wel of niet met skeptische zaken te maken kan hebben. De rubriek verdween een tijdlang maar keerde terug op 8 augustus 2007 in een ander formaat. In plaats van dat Randi een voorbereid essay leverde, stelde een SGU-host Randi een vraag die Randi dan beantwoordt en uiteenzet.

"Name That Logical Fallacy" (Noem de drogreden): Steven Novella legt regelmatig de panelleden een recente discussie voor, doorgaans van pseudowetenschappelijke aard, dat ofwel onlangs in het nieuws is geweest ofwel door luisteraars is aangestipt om te overdenken. De panelleden worden uitgedaagd om de fouten in de aangeleverde argumentatie te ontdekken, waarbij men specifiek verwijst naar drogredenen. Deze rubriek begon in aflevering 40, maar komt niet elke show voor.[7] Veel van de genoemde drogredenen komen van de lijst van Drogredenen van de show (oorspronkelijk waren dit er 20, maar de handleiding is later uitgebreid).[8]

"Swindlers List" (Zwendelaarslijst, een woordspeling op Schindler's List): vanaf 18 mei 2011 praat Jay Novella over een bepaalde oplichterij die hij heeft ontdekt over van heeft gehoord. De eerste oplichterij die hij in deze rubriek behandelde was Bidsell.com.[9]