Sequencing

	Deel van een serie artikelen over; Genetica
	Stuifmeelcellen in meiose (1600x)
––– Algemeen –––
	Chromosoom · DNA · Erfelijkheid · Genetische variatie · Genoom · Mutatie · Nucleotide · RNA
––– Onderzoek –––
	DNA-analyse · Gentechnologie · Genomica · Sequencing
––– Vakgebieden –––
	Epigenetica · Klinische genetica · Mendel · Moleculaire genetica · Populatiegenetica
	Portaal Genetica

Sequencing of sequentiëring[1] is het bepalen van de primaire structuur van een onvertakt biopolymeer. De term doelt meestal op het vaststellen van de nucleotidevolgorde van een nucleïnezuur of de aminozuurvolgorde van een proteïne. Ook polysachariden kunnen gesequencet worden; hieruit vindt men de volgorde van monosachariden. De sequentie die door middel van sequencing is bepaald geeft een indruk van de atomaire structuur van het betreffende macromolecuul.

Sequencing is een centraal onderzoeksthema binnen de genomica, proteomica en andere deelgebieden van de systeembiologie. Uit de sequentie van DNA, RNA en eiwitten kan veel nuttige informatie worden afgeleid. Sequentiegegevens zijn bijvoorbeeld van groot belang in de genetica, biotechnologie, virologie en systematiek. Het vindt zijn toepassingen in onder meer geneeskunde en forensisch onderzoek.

DNA-sequencing

Op het gebied van het uitlezen van het genoom van organismen zijn er dankzij de didesoxy-DNA-sequencing-methode eind 20e eeuw grote doorbraken geboekt, waaronder ook het menselijk genoom (menselijk genoomproject). Het ontbreken van een hydroxidegroep vormt de kern van didesoxysequencing. Doordat er een zuurstofatoom ontbreekt op het derde koolstofatoom van de ribose, is deze niet in in staat een ester te vormen met de fosfaat-groep van de volgende nucleotide tijdens DNA-polymerisatie. Door deze didesoxy-varianten van de nucleotiden te mengen met reguliere nucleotiden ontstaan er DNA-fragmenten van verschillende lengtes. De lengte wordt bepaald wanneer tijdens polymerisatie een didesoxynucleotide wordt gekoppeld aan het al gesynthetiseerde DNA-fragment. Door koppeling van deze didesoxynucleotide is DNA-polymerase niet meer in staat om door te gaan met replicatie gezien deze geen esterverbinding meer kan vormen. Door gelelektroforese toe te passen kan ten slotte de nucleotidevolgorde worden bepaald. Deze methode van sequencen wordt tegenwoordig ook aangeduid als Sanger-sequencen (SBT), naar de grondlegger van deze techniek. Ter onderscheid van de moderne aanpak van 'Massive Parallel Sequencing' (MPS), meestal aangeduid als 'Next generation Sequencing' (NGS).

Bisulfiet-sequencing

Bisulfiet-sequencing wordt gebruikt in de epigenetica bij het bepalen van welke cytosine-nucleotiden gemethyleerd zijn in een DNA-sequentie. Door de behandeling van het DNA in een bisulfietoplossing reageert het bisulfiet met ongemethyleerde cytosine. Na deaminering en uiteindelijk het afstoten van de sulfietgroep verandert de ongemethyleerde cytosine uiteindelijk in uracil. De bewerkte sequentie dient nu vermenigvuldigd te worden door middel van polymerasekettingreactie. Door ten slotte didesoxy-DNA-sequencing toe te passen kunnen de locaties van de uracilnucleotiden achterhaald worden. De plekken waar uracil gevonden wordt, zijn de plekken waar de cytosinenucleotiden gemethyleerd waren.

Zie ook

Literatuurverwijzingen

Everdingen, J.J.E. van, Eerenbeemt, A.M.M. van den (2012). Pinkhof Geneeskundig woordenboek (12de druk). Houten: Bohn Stafleu Van Loghum.

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[Pinkhof2012-1] Everdingen, J.J.E. van, Eerenbeemt, A.M.M. van den (2012). Pinkhof Geneeskundig woordenboek (12de druk). Houten: Bohn Stafleu Van Loghum.