ME is sinds 1969 opgenomen in de ziekteclassificatie van de WHO, de Wereld Gezondheidsorganisatie. De WHO is een onderdeel van de Verenigde Naties. Het classificeren van ziekten is een van de taken van de WHO. De classificaties worden vastgesteld door de assemblee van deze organisatie. Alle lidstaten hebben zich aan de actuele classificatie te houden.

ICD-10

In de huidige classificatie, de ICD-10, staat de ziekte als 'benign myalgic encephalomyelitis' vermeld onder de neurologische code G93.3. Deze code heeft als titel postviraal vermoeidheidssyndroom. ME is de enige ziekte die daar staat vermeld. Bij andere codes staan vaak meer aandoeningen genoemd. De eerste versie van de ICD-10 werd gepubliceerd in 1992. In de classificatie van ME hebben zich sindsdien geen wijzigingen voorgedaan.

CAS-code

De CAS-code is een Nederlandse codering die is afgeleid van de ICD-10 en met name wordt gebruikt door UWV. De code voor ME is N690. Het komt regelmatig voor dat verzekeringsartsen tegen alle voorschriften in deze code niet willen gebruiken, omdat zij denken dat ME niet bestaat of geen neurologische ziekte is.

ICD-10-CM

De ICD-10-CM is een Amerikaanse uitbreiding van de internationale ziekteclassificatie, bedoeld voor ziekenhuisrekeningen in de VS. Het is geen publicatie van de WHO, maar de WHO heeft deze uitgave wel goedgekeurd. De uitbreiding werd eind 2011 gepubliceerd en is in oktober 2015 van kracht geworden. ME staat op de bekende plaats, onder G93.3.

Ook CVS staat in de ICD-10-CM, namelijk als een diagnose voor onverklaarde vermoeidheid en malaise (R53 in de ICD-10) met de code R53.82. Daarbij is ME expliciet uitgesloten. Dat betekent, dat de diagnose CVS niet van toepassing is als de diagnose ME of postviraal vermoeidheidssyndroom is gesteld. Het is dus niet mogelijk om zowel ME als CVS te hebben, en combinaties van termen zoals ME/CVS hebben geen medische betekenis.

ICD-11

Rond 2018 is de eerste uitgave van de ICD-11 voorzien, de opvolger van de ICD-10. Daarbij wordt de systematiek van de ziekteclassificatie aangepast. Een belangrijke nieuwigheid is dat aandoeningen voortaan op meer dan één plaats kunnen voorkomen. Het is nog niet bekend op welke plek of plekken ME gaat worden vermeld. Wel is al besloten dat de term postviraal vermoeidheidssyndroom niet meer zal worden gebruikt.