In de Chinese traditie was het doel tot de 12e eeuw steeds 'praktisch' opgevat. Enerzijds was er het maken van goud, anderzijds de zoektocht naar een levensverlengend middel. Over het eigenlijke doel van de westerse alchemie blijft echter veel onduidelijk. Alchemistische geschriften zijn in de regel immers zeer occult (duister, raadselachtig) opgesteld. Alchemistische auteurs gebruikten een soort geheimtaal met symbolen die grotendeels waren ontleend aan de astrologie, zodat alleen 'ingewijden' toegang hadden tot de veronderstelde wijsheid van de alchemie. Tot aan Paracelsus was het voornaamste doel van de alchemisten het vervaardigen van de Steen der wijzen, om zo rijk en onsterfelijk te worden. De 16e-eeuwse arts bracht hier verandering in. Hij vond dat de alchemist zijn futiele zoektocht naar het fonkelend goud moest staken en de mensheid beter kon dienen door onderzoek naar betere medicijnen. Vooral de opkomst van de moderne wetenschap vanaf de 17e eeuw maakte echter dat de alchemie meer en meer een 'innerlijke' discipline werd. Auteurs als Jakob Böhme (1575-1624) en Thomas Vaughan (1621-1665) werkten heel waarschijnlijk al niet meer in een laboratorium. Deze schrijvers identificeerden de steen der wijzen vaak met Christus en waren met evenveel recht mysticus te noemen als alchemist.