Inverted repeat

Een inverted repeat (afgekort als IR) is een sequentie van nucleotiden die stroomafwaarts (verderop in het DNA) complementair wordt herhaald.[1] Deze complementaire sequentie noemt men het reverse complement. De nucleotiden die tussen de initiële sequentie en het reverse complement liggen kunnen in aantal verschillen. Als er geen tussenliggende nucleotiden voorkomen spreekt men van een palindroomsequentie. Een voorbeeld van een inverted repeat is: 5'--TTACGnnnnnnCGTAA--3'. De in hoofdletter genoemde nucleotiden zijn complementair aan elkaar.

Dergelijke herhalingssequenties kunnen betrekking hebben op een paar nucleotiden of op een volledig gen. Ze kunnen zeer verspreid over het chromosoom voorkomen of juist direct achter elkaar liggen: men spreekt dan van een tandemsequentie.[kleine-letter 1] Een tandemsequentie kan in eukaryoten wel duizenden keren verspreid over het genoom terugkomen.[2] Herhalingssequenties van ongeveer 10-100 basenparen noemt men minisatellieten, maar kortere herhalingssequenties van 2-4 basenparen noemt men microsatellieten. Hoewel de meeste herhalingssequenties in de centromeer en de telomeer voorkomen, bevindt een groot deel zich in het niet-coderend DNA.[3]

Inverted repeats komen voor bij eukaryoten, prokaryoten en zelfs in het genoom van chloroplasten en mitochondriën. Ze vervullen een aantal belangrijke biologische functies. Ze bepalen de grenzen van transposons en geven regio's aan die in staat zijn tot zelfcomplementaire basenparing. Deze aspecten spelen een belangrijke rol bij de stabiliteit van het genoom en dragen bij aan de celevolutie, genetische diversiteit[4] en afwending van mutaties.[5]