Sonic & Knuckles

Het spel focust zich op zowel Sonic als Knuckles. De keuze met welk personage er wordt gespeeld beïnvloedt de zones en levels. Zowel Sonic als Knuckles moeten dezelfde zones doorlopen, maar afhankelijk van het personage zijn de lay-out en de eindbaasgevechten anders. Vanaf de Lava Reef zone worden deze verschillen steeds groter. De manier van spelen is echter voor beide personages vrijwel hetzelfde.

Sonic kan iets harder lopen dan Knuckles en hoog springen. Knuckles kan tegen muren opklimmen en door enkele barricades heen breken.

Net als in Sonic the Hedgehog 3 zijn er bonuslevels en speciale levels. De bonuslevels zijn te betreden door 20 ringen te verzamelen en dan door een ring van sterren te springen. Het eerste bonuslevel combineert de gokautomaat uit Sonic the Hedgehog 2's Casino Night Zone en de 360° draaiende labyrint level uit het eerste Sonic the Hedgehog-spel. Het tweede bonuslevel is een grote verticale koers met magnetische bollen waarmee Sonic zichzelf omhoog kan schieten.

Sonic & Knuckles gaat verder waar Sonic the Hedgehog 3 stopte. Na Dr. Robotnik's nederlaag in de lanceerbasis, valt de herbouwde Death Egg naar Angel Island en crasht in de Lava Reef's vulkaan. Robotnik probeert wederom zijn Death Egg te repareren, ditmaal door de Master Emerald als energiebron te gebruiken.

Robotnik laat Knuckles denken dat Sonic achter de Master Emerald aan zit. Derhalve vecht Knuckles eerst tegen Sonic. Pas nadat Robotnik de Emeralds steelt doorziet Knuckles het bedrog. Met tegenzin spant hij samen met Sonic tegen Robotnik.

In Knuckles' verhaallijn wordt hij aangevallen door Eggrobo. Hij wil zich op hem wreken. Wanneer Eggrobo verdwijnt moet Knuckles het opnemen tegen Mecha Sonic.

Sonic & Knuckles maakt gebruik van "lock-on technology", waardoor een andere spelcartridge tegelijk met Sonic & Knuckles kan worden aangesloten op de Mega Drive. Op deze manier kan men het spel combineren met Sonic the Hedgehog 2 en Sonic the Hedgehog 3. Deze technologie werd bedacht daar de ontwikkelaars van Sonic 3 niet deadline konden halen voor geplande Sonic 3-spel. Eigenlijk zou Knuckles al een bespeelbaar personage moeten zijn in Sonic 3, en zouden ook de levels van Sonic & Knuckles in dit spel verwerkt moeten worden. Door tijdgebrek werd Sonic 3 uitgebracht met de toen gemaakte levels, en werden de andere levels in Sonic & Knuckles verwerkt.