Proteoom
De verzameling van alle eiwitten van een organisme of van een cel noemt men het proteoom.
Het proteoom staat in verband met onder meer:
- het genoom: verzameling van alle genen;
- het transcriptoom: verzameling van alle RNA-moleculen die in verband staan met de transcriptie;
- het metaboloom: verzameling van alle metabolieten.
Proteomica is de wetenschap die zich bezighoudt met de bestudering van het proteoom.
Complexiteit van het proteoom
Het proteoom is aanzienlijk complexer dan het genoom om verschillende redenen:
- Eén gen kan voor meerdere eiwitten zorgen.
- Post-translationele modificaties zoals fosforylering en acetylering kunnen zorgen voor tientallen varianten van één eiwit.
- Iedere cel heeft in principe hetzelfde genoom, maar het proteoom is in principe per cel verschillend, afhankelijk van het celtype (celdifferentiatie)
- Het proteoom is dynamischer dan het genoom, het kan sterk beïnvloed worden door externe stimuli en interne regulatiemechanismen
Analyse van het proteoom
Voor de analyse van het proteoom wordt meestal een combinatie gebruikt van gelelektroforese of vloeistofchromatografie en massaspectrometrie Door middel van gelelektroforese (GE) of vloeistofchromatografie (LC) worden de eiwitten van elkaar gescheiden. Meestal worden meerdere eigenschappen van de eiwitten (zoals grootte en pI-waarde) gebruikt voor scheiding. Dit noemt men 2D-GE of 2D-LC. Vaak worden de eiwitten in stukken geknipt door middel van digestie. Massaspectrometrie is een techniek die wordt gebruikt om de fragmenten van de eiwitten te identificeren.