Taxonomie (biologie)

In de laatste decennia van het tweede millennium kwam een nieuwe bron van informatie beschikbaar, namelijk de vergelijking van DNA sequenties (onderdeel van moleculaire data). Het indelen op grond van erfelijke eigenschappen moet niet verward worden met genetica, het bestuderen van deze erfelijke eigenschappen.

Cladistische taxonomie
Reptielen vormen een parafyletische groep. De groep kan monofyletisch gemaakt worden door er de vogels (Aves) in op te nemen

Een andere ontwikkeling is die van de cladistiek. De opbouw van dit systeem geschiedt vanuit monofyletische taxa (meervoud van taxon). Dat wil zeggen dat:

1. de groep van één voorouder afstamt,
2. alle afstammelingen van die voorouder ook tot die groep behoren.

Een taxon dat niet aan de eerste eis voldoet is polyfyletisch en een taxon dat wel aan de eerste maar niet aan de tweede eis voldoet is parafyletisch. Zowel polyfyletische als parafyletische taxa worden door cladisten als ongewenst beschouwd.

Sommige taxa zijn zo ingeburgerd, dat zij moeilijk af te schaffen zijn. Een goed voorbeeld is de klasse Reptilia. Reptiel is een volledig ingeburgerd begrip en is deel van het dagelijks spraakgebruik geworden. Voor de pure cladisten is echter de klasse Reptilia onaanvaardbaar, omdat de vogels bijvoorbeeld erin ontbreken, terwijl ook zij afstammen van de laatste voorouder die de huidige slangen, hagedissen, brughagedissen, krokodillen en schildpadden gemeen hebben. Reptilia is dus een parafyletisch taxon.

Uit DNA-onderzoek van de zoogdieren is gebleken dat een ingeburgerd taxon als de orde Insectivora in werkelijkheid polyfyletisch is. De tenreks en goudmollen, twee families die uitsluitend in Afrika en Madagaskar voorkomen, bleken eerder aan de olifanten, zeekoeien, aardvarkens en klipdassen dan aan de egels en spitsmuizen verwant. Ook bleken de walvissen meer aan de nijlpaarden dan aan de uitgestorven Mesonychidae verwant, in weerwil van de stellige zekerheid waarmee paleontologen zich ook over die laatste verwantschap hadden uitgesproken.

In de taxonomie van de bedektzadigen heeft de Angiosperm Phylogeny Group (APG) sinds 1998 voor flinke veranderingen gezorgd. De indeling van de hogere groepen was tot voor kort vooral gebaseerd op morfologische en biochemische kenmerken, waarbij het aan de botanici was om te bepalen welke van die kenmerken van doorslaggevend belang waren. De APG heeft gestreefd naar brede consensus over een indeling die gebaseerd is op overeenkomsten in het DNA, waarbij de verwantschappen op grond van kansrekening worden vastgesteld. De benadering van de APG betekent op twee fronten een breuk met het verleden. In de eerste plaats wordt de voorgestelde indeling door een grote groep botanici gemaakt en niet, zoals voorheen, door één of twee auteurs. In de tweede plaats komt de indeling grotendeels door berekeningen tot stand en niet door de subjectieve bepaling welke kenmerken primair van belang zijn voor de systematische positie van een groep. De APG heeft inmiddels het vierde verslag van haar werk gepubliceerd als het APG IV-systeem (2016).